州内共有5000多条河流，众多的是中小河。长度超过100公里的大河流是黑龙江（其中有584公里的河段在州境内）、比拉河、比詹河、苏塔拉河、伊库拉河、温贡河。州河网总长8200公里。阿穆尔河（黑龙江）是欧亚大河之一，水利资源丰富。在犹太自治州的西部边境，阿穆尔河河床宽1.5公里，东部河床宽2.5公里。阿穆尔河有5个月的结冰期，由11月末至四月末，冰冻可达两米，于冰面上可进行汽运及客运。阿穆尔河平均通航期为180天。州内还有26条较大和1146条较小河流，它们都属于阿穆尔河的分支。 [11]
