福建闽江河口湿地国家级自然保护区在植物地理上属于冷北极植物区系与古热带植物区系的过渡带，处于中国—日本森林植物亚区的华南地区。依据植物群落的种类组成、外貌结构和生态生理分布，在植被类型上，参照《中国植被》及《中国湿地植被》的划分方法，自然保护区主要植被类型可以分为滨海盐沼、滨海沙生植被和红树林3个植被型；有互花米草群落、芦苇群落、短叶茳芏群落、海三棱藨草群落、中华结缕草群落、苦郎树群落、狗牙根群落、铺地黍群落、木麻黄群落、厚藤群落、老鼠簕、甜根子草群落、矮生苔草群落、秋茄群落等14个群系。 [5]
